Lý luận khởi nguyên được chấp thuận rộng rãi nhất cho rằng tên gọi Sikkim là sự kết hợp của hai từ trong tiếng Limbu: su có nghĩa là "mới", và khyim, có nghĩa là "cung điện" hay "nhà". Tên gọi này được cho là ám chỉ đến cung điện do Phuntsog Namgyal- quân chủ đầu tiên của Sikkim- xây dựng. Tên tiếng Tạng của Sikkim là འབྲས་ལྗོངས། (Denjong), nghĩa là "thung lũng lúa",[9] còn người Bhutia gốc Tạng gọi Sikkim là Beyul Demazong, có nghĩa là '"thung lũng ẩn của lúa".[10] Người Lepcha là các cư dân bản địa của Sikkim, họ gọi nơi đây là Nye-mae-el, nghĩa là "thiên đường".[10] Trong các văn bản tôn giáo Ấn Độ giáo, Sikkim được biết đến là Indrakil, vườn của chiến thần Indra.[11]